module MiGA
module MiGA::Cli::Action::Doctor::Base
module MiGA::Cli::Action::Doctor::Databases
module MiGA::Cli::Action::Doctor::Distances
module MiGA::Cli::Action::Doctor::Operations
module MiGA::Cli::Action::Download
module MiGA::Cli::Action::Download::Base
module MiGA::Cli::Action::Download::Gtdb
module MiGA::Cli::Action::Download::Ncbi
module MiGA::Cli::Action::Download::Seqcode
module MiGA::Cli::Action::Init::DaemonHelper
module MiGA::Cli::Action::Init::FilesHelper
module MiGA::Cli::Action::Wf
module MiGA::Cli::Base
module MiGA::Cli::ObjectsHelper
module MiGA::Cli::OptHelper
module MiGA::Common
module MiGA::Common::Format
module MiGA::Common::Hooks
module MiGA::Common::Net
module MiGA::Common::Path
module MiGA::Common::SystemCall
module MiGA::Common::WithDaemon
module MiGA::Common::WithDaemonClass
module MiGA::Common::WithOption
module MiGA::Common::WithResult
module MiGA::Daemon::Base
module MiGA::Dataset::Base
module MiGA::Dataset::Hooks
module MiGA::Dataset::Result
module MiGA::Dataset::Result::Add
module MiGA::Dataset::Result::Ignore
module MiGA::Dataset::Status
module MiGA::Dataset::Type
module MiGA::Project::Base
module MiGA::Project::Dataset
module MiGA::Project::Hooks
module MiGA::Project::Result
module MiGA::RemoteDataset::Base
module MiGA::RemoteDataset::Download
module MiGA::Result::Base
module MiGA::Result::Dates
module MiGA::Result::Source
module MiGA::Result::Stats
module MiGA::Result::Versions
module MiGA::TaxDist
module MiGA::Taxonomy::Base
class File
class MiGA::Cli
class MiGA::Cli::Action
class MiGA::Cli::Action::About
class MiGA::Cli::Action::Add
class MiGA::Cli::Action::AddResult
class MiGA::Cli::Action::Archive
class MiGA::Cli::Action::Browse
class MiGA::Cli::Action::ClassifyWf
class MiGA::Cli::Action::Console
class MiGA::Cli::Action::Daemon
class MiGA::Cli::Action::Date
class MiGA::Cli::Action::Db
class MiGA::Cli::Action::DerepWf
class MiGA::Cli::Action::Doctor
class MiGA::Cli::Action::Edit
class MiGA::Cli::Action::Env
class MiGA::Cli::Action::Files
class MiGA::Cli::Action::Find
class MiGA::Cli::Action::Generic
class MiGA::Cli::Action::Get
class MiGA::Cli::Action::GtdbGet
class MiGA::Cli::Action::IndexWf
class MiGA::Cli::Action::Init
class MiGA::Cli::Action::Lair
class MiGA::Cli::Action::Ln
class MiGA::Cli::Action::Ls
class MiGA::Cli::Action::NcbiGet
class MiGA::Cli::Action::New
class MiGA::Cli::Action::NextStep
class MiGA::Cli::Action::Option
class MiGA::Cli::Action::PreprocWf
class MiGA::Cli::Action::QualityWf
class MiGA::Cli::Action::Rm
class MiGA::Cli::Action::Run
class MiGA::Cli::Action::SeqcodeGet
class MiGA::Cli::Action::Stats
class MiGA::Cli::Action::Summary
class MiGA::Cli::Action::TaxDist
class MiGA::Cli::Action::TaxIndex
class MiGA::Cli::Action::TaxSet
class MiGA::Cli::Action::TaxTest
class MiGA::Cli::Action::Touch
class MiGA::Daemon
class MiGA::Dataset
class MiGA::Error
class MiGA::Json
class MiGA::Lair
class MiGA::Metadata
class MiGA::MiGA
class MiGA::Parallel
class MiGA::Project
class MiGA::RemoteDataError
class MiGA::RemoteDataMissingError
class MiGA::RemoteDataset
class MiGA::Result
class MiGA::SQLite
class MiGA::SystemCallError
class MiGA::TaxIndex
class MiGA::TaxIndexTaxon
class MiGA::Taxonomy
class String
miga-base
1.3.9.0
# show_log?
def show_log? @runopts[:show_log] ||= false end